La comuna de General lagos es la más alejada de los centros urbanos regionales, a lo cual se agregan las características extremas del clima, una accidentada topografía y la irregularidades de los caminos, todo lo cual limita la accesibilidad a su territorio.
Su municipalidad tiene asiento en el poblado de Visviri, el punto más septentrional del país, ubicado en el hito fronterizo tripartito entre Chile, Perú y Bolivia. Está a una altitud de 4.064 metros y a 270 kilómetros de distancia de Arica y a un par del poblado boliviano de Charaña. En su territorio se ubica el Volcán Tacora y sus azufreras, y parte del antiguo ferrocarril que une las ciudades de Arica y La Paz. Otro poblado que conforma la comuna es Cosapilla, cercano a Visviri.

A la comuna General Lagos se llega desde Arica a través del camino Internacional Arica – Tambo Quemado (Ruta CH-11), hasta llegar al pueblo Parinacota en el Km. 175 y acceder a Visviri por la Ruta A-123, en cuyo trayecto completo que según el estado del camino, puede realizar entre 4 y 6 horas.